Pada mulanya Program studi Pendidikan Agama Islam (PAI) merupakan satu-satunya jurusan yang ada di bawah Fakultas Tarbiyah, Institut Ilmu-ilmu Al-Qur’an Jawa Tengah di Wonosobo. Fakultas Tarbiyah dibuka tahun 1988 dan dipimpin pertama kali oleh Drs. H. Ngahadi. Pada tahun tahun 1990 mendapat ijin pendirian dan operasional dengan SK Nomor 300 Tahun 1990, tertanggal 29 September 1990 yang ditandatangani oleh Menteri Agama H. Munawir Sjadzali. Pada awal kepengelolaan, Program Studi PAI FITK UNSIQ diketuai oleh K.H. Ahmaz Zuhdi, M.Ag, Maryono, M.Pd, dan sekarang diketaui oleh Drs. H. Ali Imron, M.Ag. Pada tahun 2013 Prodi PAI mendapat akreditasi B, kemudian pada akreditasi selanjutnya, yakni tahun 2018 mendapatkan akreditasi A dengan SK No. 704/SK/BAN-PT/Akred/S/IV/2019. Hal ini menunjukkan bahwa program studi PAI bersungguh-sungguh dalam hal pengelolaan dan pengembangan serta pengelolaan kelembagaan. Sampai saat ini prodi PAI tetap berkomitmen dalam memajukan dan mengelola pendidikan sebagai upaya menyiapkan pendidik PAI yang professional.
Struktur Pimpinan Prodi
Ketua Program Studi
– Drs. H. Ali Imron, M.Ag
Sekretaris Prodi
– M. Yusuf Amin Nugroho, M.Pd.I
Keunggulan
Program Studi PAI Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan UNSIQ Jawa Tengah di Wonosobo, telah berjalan selama hampir 30 tahun, secara integratif-interkonektif mewujudkan cita-cita besar UNSIQ, yaitu World Class of Qur’anic University, dengan menjadikan visi UNSIQ sebagai kampus Transformatif, Humanis dan Qurani. Pada era global sekarang, pengelolaan perguruan tinggi harus di kelola dengan profesional sebagai pusat keilmuan, pusat inovasi, pusat peradaban dan pusat kebudayaan. Bangsa ini membutuhkan ekspertis PAI yang berwawasan kebangsaan dan berjiwa Qur’ani. Kebutuhan masyarakat akan PAI yang memiliki spirit Qur’ani menjadi keniscayaan, karena visi, misi dan tujuan dari UNSIQ, yaitu mewujudkan universitas yang Transformatif, Humanis dan Qur’ani, maka arah dan pengembangan Prodi PAI adalah memegang peran sebagai ujung tombak keberhasilan visi misi UNSIQ membangun World Class of Quranic University.